Jens Martin Rauen begann mit der Entwicklung der ersten Version von ChurchTools im Jahr 2004, um die Kontaktdatenbank seiner eigenen Jugendgruppe in Elim Hamburg zu organisieren. Bald wurde das System genutzt, um die Kontakte der gesamten Gemeinde zu organisieren. 

In den folgenden Jahren baten auch andere Gemeinden, die von dem System hörten, darum, es nutzen zu dürfen, und im Jahr 2010 hatten einige Dutzend Gemeinden in Deutschland, Österreich, der Schweiz und Frankreich ChurchTools als ihr internes System. Jens Martin Rauen entwickelte das System weiter und erweiterte seine Funktionalitäten entsprechend den Bedürfnissen der Kirchen.